《柯南》20週年大作，製作成本創新高，原作者青山剛昌親自參與劇本製作工作，《柯南》劇場版首次邀請嘉賓[天海祐希]擔任聲優、B'z成員松本孝弘演奏由大野克夫作曲的主題音樂兼演唱者。一個月黑風高的晚上，某個間諜趁隙滲透日本警方，欲竊取各國情報局的機密檔案，包括英國MI6、德國BDN、美國CIA，甚至還有FBI等各國諜報機構。幸好安室透(波本)領導的日本公安局及時趕到，間諜想利用偷來的車逃脫，於高速公路上展開激烈追逐戰，其他的車輛也被捲入，千鈞一發之際，卻被FBI探員赤井秀一的來福槍擊中，從公路墜下懸崖。隔天，柯南一行人前往東京的一間水族館，意外發現一名受傷的女子。她的雙眼有著不同的顏色，仔細一看她的兩隻眼睛的瞳孔顏色不一樣，也就是俗稱的“陰陽眼”，且失去了記憶。柯南一行人誓言要陪著她、幫助她找回記憶。在此同時，「苦艾酒」其實正在幕後，偷偷的觀察著一切！只見她拿出一個消音器，對著一個對講機說道：「一切都依照計畫！琴酒」，前所未有的大危機朝向柯南逼近之中！名偵探vs.黑暗組織vs.FBIvs.公安vs……？！....(本資訊由開眼電影提供)