『你這四年來的傲慢施政，即將遭到天譴！』 朝倉市長突然收到一封神秘的恐嚇信…。 隔日，市長一手策劃並已完工通車的新地下鐵隧道竟然遭人炸毀！ 雖然因為柯南及時得知恐嚇信的存在，總算讓這起事件未造成人員傷亡， 但該名企圖暗殺市長的犯人仍逍遙法外，今後依舊可能引發更嚴重的慘劇。 在調查朝倉市長的過往經歷後，柯南發現市長於擔任國土交通部部長期間曾興建水庫，懷疑市長當時可能因此遭人懷恨。 為了興建水庫，位於新潟縣的北之澤村於五年前遷村到鄰近地區。村民們舉辦了一場紀念遷村五週年的活動，並邀請許多人士參加。犯人是否就在其中？柯南在調查的過程中，遇見了五個從小一起長大並已八年沒見面的男女。 這一群男女在八年前曾歷經一起死亡車禍，接著又適逢水庫的建設，讓他們內心充滿陰影、嫉妒與怨恨。在那起車禍發生的同日，一名少年「冬馬」從懸崖跌落後長期昏迷不醒，如今卻突然奇蹟般地甦醒！然而隨著車禍發生當日的記憶逐漸恢復，冬馬也開始陷入危機…。突然間，這群兒時玩伴的其中一人被發現業已身亡，而少年偵探團也遭到不明人士的威脅。冬馬五年前究竟是看到了什麼？隱藏於他記憶中的真相到底為何？而炸毀地下鐵的犯人下一個目標又是…？一場大浩劫即將全面侵襲水庫之村！！